Nei flashback vediamo come fin da giovane, Daniel venga spinto dalla madre, Eloise, a dedicarsi unicamente alla ricerca scientifica e ad abbandonare tutte quelle che per lei sono “distrazioni”, come il piano da piccolo o la compagnia femminile subito dopo essersi laureato. Anni dopo, Daniel assiste al ritrovamento del volo Oceanic 815. Le sue condizioni sono peggiorate: i suoi esperimenti gli hanno causato gravi problemi alla memoria. Gli viene però offerta una via d’uscita da Charles (che in precedenza ha finanziato le sue ricerche) e cioè quella di imbarcarsi sul Kahana verso l’isola, che secondo Charles potrebbe essergli utile per le sue ricerche e per la sua salute. Daniel rifiuta l’offerta, temendo di non essere all’altezza, ma sarà convinto in seguito da Eloise. Nel presente, Desmond viene portato all’ospedale da Penelope dopo il colpo sparatogli da Ben. In attesa che il marito esca dalla sala operatoria, Penny riceve una visita da Eloise che si scusa per i danni arrecati a Desmond per colpa di suo figlio. Poco dopo, Desmond si risveglia. Penelope va da lui, mentre Eloise esce dall’ospedale. Ad attenderla c’è Charles, che si scopre essere il padre di Daniel. Sull’isola, Daniel si dirige subito a casa di Jack, chiedendogli come abbiano fatto a tornare. Sentite le spiegazioni, Daniel dice che la madre si è sbagliata e che non erano destinati a tornare. Quindi Daniel si dirige con Miles verso l’Orchidea, dove incontra il dottor Chang, e cerca di convincerlo ad evacuare l’isola il prima possibile, poiché la fonte di energia situata sotto il Cigno causerà una catastrofe inimmaginabile nel giro di poche ore. Per convincerlo, arriva a rivelargli che viene dal futuro, ma lo scienziato non gli crede. Nel frattempo, Jack è andato da Sawyer e Juliet per dire loro del ritorno di Daniel, e scopre che i due hanno imprigionato Phil. A quel punto, tutti i sopravvissuti presenti alla base si riuniscono per decidere il da farsi. Sawyer, Juliet, Jin, Miles e Hugo decidono di dirigersi verso la spiaggia per ricominciare da zero, mentre Jack e Kate scelgono di accompagnare Daniel in un estremo tentativo di salvezza: dovranno infatti incontrare Eloise, a quel tempo sull’isola e meglio conosciuta come Ellie. Il piano di Daniel, come Jack e Kate apprendono con sconforto, è di far esplodere la bomba per bloccare la fuoriuscita di energia, la successiva funzione del Cigno come “guardiano” della stessa e lo stesso schianto del volo 815. Le cose però precipitano: Daniel viene ucciso da un colpo di fucile della stessa Eloise (rendendosi conto che sua madre sapeva che lui sarebbe morto sull’isola), mentre alla Base Sawyer e Juliet vengono scoperti da Radzinsky.