Dopo lo scoppio della bomba alla fine della precedente stagione, vengono presentate due differenti realtà. Nella prima, il volo Oceanic 815 riesce ad atterrare senza problemi a Los Angeles nel 2004, mentre l’isola è sprofondata nell’oceano. A bordo dell’aereo Jack, dopo aver incontrato Desmond, ha dovuto salvare Charlie da morte certa, dopo che questo ha ingerito un sacchetto di eroina. Boone sta tornando da Sydney da solo; Bernard e Rose sono di nuovo insieme; Kate è ancora prigioniera dello sceriffo; Sayid torna con la speranza di trovare Nadia e aiuta Jack a tirare fuori dal bagno Charlie; Jin e Sun tornano dal viaggio di lavoro, con lui ancora incapace di parlare inglese; Locke è paralizzato; Hurley si autodefinisce «baciato dalla fortuna» ed è un affermato imprenditore, seduto accanto a Sawyer. Una volta arrivati a terra, cominciano i problemi per tutti: Jack scopre che la bara contenente il corpo del padre è andata smarrita e non se ne ha più traccia. Jin viene portato in custodia poiché non riesce a spiegare il possesso di una grossa somma di denaro trovata nelle sue valigie e Sun non lo aiuta, fingendo di non saper parlare inglese. Charlie viene portato via in manette. Kate riesce a sfuggire allo sceriffo e, fuori dall’aeroporto, dirotta un taxi, che però ha già un passeggero a bordo: Claire. Nella seconda realtà, i sopravvissuti sono tornati al presente (nel 2007), ma sono ancora sull’isola. Kate, Sawyer, Miles, Hurley, Jin e Jack si risvegliano nei pressi della botola del Cigno, implosa dopo che Desmond ha girato la chiave di sicurezza. C’è anche Sayid, gravemente ferito. All’improvviso, si sentono delle urla provenire dall’interno della botola: Juliet è ancora viva, ma le sue condizioni sono gravissime e gli sforzi di James per salvarla sono inutili. Dopo aver detto poche parole («devo dirti una cosa molto, molto importante»), la ragazza muore. Sawyer è furioso con Jack: nulla è cambiato. Sono ancora sull’isola e Juliet è morta. Nel frattempo, Hurley ha una visione del defunto Jacob, che gli dice che per salvare Sayid dovrà portarlo al Tempio, portando con sé la custodia di chitarra che gli ha dato a Los Angeles. Il mattino successivo, Sawyer seppellisce il corpo di Juliet e chiede a Miles di aiutarlo. In seguito, chiede al sensitivo cosa Juliet volesse dirgli prima di morire: la risposta è: «Ha funzionato». Intanto, il resto del gruppo decide di seguire le indicazioni date a Hurley da Jacob e si dirige verso il Tempio. Una volta entrati nei sotterranei, vengono tutti catturati dagli Altri, guidati da Lennon e Dogen, che progettano di ucciderli. A salvarli è Hurley, che dice di essere stato mandato da Jacob e mostra loro la custodia. All’interno di quest’ultima c’è un grosso ankh di legno che, una volta spezzato in due da Dogen, rivela un messaggio al suo interno. Dopo aver letto il messaggio, Dogen consente al gruppo di entrare nel Tempio. Secondo Lennon, il messaggio diceva di curare Sayid oppure saranno tutti nei guai. Il corpo di Sayid viene portato dagli Altri presso una sorgente che sgorga all’interno della struttura e vi viene immerso, per un tempo determinato da una clessidra. Il tentativo è però inutile: Sayid muore. Hurley viene interrogato da Dogen, che vuole sapere cosa gli ha detto Jacob e quando questo arriverà al Tempio. Quando Hurley riferisce della morte del capo degli Altri, Dogen e Lennon, allertano tutti di preparare a difendersi, spargere cenere lungo i bordi del tempio e lanciare un razzo di segnalazione. Lennon spiega che tutto ciò è per far sì che “lui” non entri. Poco dopo, nella stanza della sorgente (dove nel frattempo sono stati portati anche Miles e Sawyer), Sayid si risveglia. Alla statua, il falso Locke chiede a Ben di andare a chiamare Richard. All’esterno della statua, tutti si stanno ancora chiedendo chi sia il falso Locke e, quando Ben esce a chiamare Richard, questi rifiuta e al suo posto vanno Bram e altri due appartenenti al gruppo di Ilana. A questo punto il falso Locke si rivela nelle sembianze del mostro di fumo, ed è sotto questa forma che uccide i nuovi arrivati. Ben capisce di essere stato usato dal mostro; questi gli dice di aver ammirato Locke, l’unico fra tutti a voler rimanere sull’isola per fuggire dalla sua patetica vita, ma il suo scopo è completamente diverso: lui vuole tornare a casa. All’esterno, Richard e il resto del gruppo hanno avvistato il razzo di segnalazione lanciato dal Tempio, ma a questo punto dalla statua esce il falso Locke che dà segno di riconoscere Richard («sono felice di vederti libero da quelle catene»), prima di stordirlo e portarlo via sulle sue spalle, sotto gli occhi di Frank e Sun e passando davanti al cadavere di John Locke disteso sulla sabbia.