Arrivati in una città deserta, Scooby-Doo e i suoi amici Shaggy, Daphne, Fred e Velma vengono trascinati a bordo di un’astronave aliena. I nostri amici dovranno cercare di mettersi in salvo e nel contempo risolvere il mistero della presenza extraterreste sul nostro pianeta. Non sarà un’impresa facile…